De Yanktonai zijn één van zeven primaire divisies van de Dakota en ze spreken hetzelfde dialect als de Yankton en men gaat ervan uit dat dit de stam is waar uit de Yanktonai zijn voortgekomen. De eerste duidelijke vermelding van de stam wordt gedaan door La Sueur in 1700 en hij spreekt over alleen de Yankton. Daarna duurt het tot 1804 voordat ze weer opduiken en nu tijdens de reis van Lewis en Clark. Deze ontdekkers verklaren dat de Yanktonai rondtrekken in het gebied rond de hoofdwateren van de rivieren de Sioux, James en de Red. Hun Migratie naar het westen vanuit hun thuisgebied ten Noorden van Mille Lac, Minnesota , vond waarschijnlijk plaats rond 1700. Het is aannemelijk dat zij hierbij de Teton volgden, terwijl de Yankton steeds verder naar het zuidwesten trokken. Long (1823) heeft het over de Yanktonai, als één van de belangrijkste van de Dakota stammen, hun jachtgronden strekken zich uit vanaf de rivier de Red tot aan de Missouri. Warren(1855) geeft als hun woongebied, het land dat tussen de rivieren de James en Missouri ligt, strekkende noordwaarts tot aan Devils Lake en hij verklaard dat de Yanktonai tegen het Amerikaanse leger vochten in de oorlog van 1812. Waarschijnlijk heeft de stam niet deelgenomen aan de massaslachting in Minnesota van 1862. In 1865 werden er verschillende verdragen gesloten met de Vs, getekend door de Upper en Lower Yanktonai. In de verdragen werden zij verplicht geen vijandelijkheden te plegen tegen burgers, maar ook tegen andere stammen in het gebied. Vervolgens werden zij in reservaten gestopt, de meeste van de Upper Yanktonai in standing Rock en het grootste deel van de Lower Yanktonai in het Crow Creek reservaat in Zuid Dakota, maar ook een aantal van hen in het Standing Rock reservaat. Hun cultuur was vergelijkbaar met die van rest van de Dakota. Long(1823) verklaard dat ze geen vaste verblijfplaats hadden, maar rondtrokken gebruikmakende van mooie lodges gemaakt van goede en mooi versierde huiden. Hun Chief , Wanotan genaamd, droegen een mantal gemaakt van schitterende bizonhuiden, versierd met veren. Het halssieraad dat hij droeg was gemaakt van 60 klauwen van een grizzly beer en zijn leggings, hemd en Moccasins waren gemaakt van witte huiden versierd met mensen haar. In zijn haar, vastgebonden met een rode reep stof, droeg hij negen stokken, nauwkeurig gesneden en glad gemaakt en geverfd met vermiljoen,symbool voor het aantal keren dat hij gewond is geraakt. Zijn haar was in twee vlechten gevlochten die naar voren hingen en zijn gezicht was beschildert met vermiljoen. In zijn hand droeg hij een grote waaier, gemaakt van kalkoenveren.
De twee belangrijkste divisies van de stam zijn de upper Yanktonai en de Hunkpatina ( Lower Yanktonai). In werkelijkheid zijn het echter Sub- stammen met ieder hun eigen organisatie. De eerste melding van Substammen wordt gemaakt door Lewis en Clark. Zij noemen de Kiyuksa, Wazikute, wratziekte, Hunkpatina en de onbekende Hahatonwanna, honetaparteenwaz en Zaartar. Hayden (1862) noemt de Hunkpatina, Pabaska en wratziekte en spreekt over twee andere bands. J.O Dorsey geeft als subdivisies van de Upper Yanktonai: Wazikute, Takini, Shikshichena, Bakihon, Kiyuksa, en de Pabaksa. Zijn subdivisies van de Hunkpatina zijn de :Putetemini, Shungikcheka, Takhuhayuta, Sanona, Ihasha, Iteghu, en de Pteyuteshni.
Het aantal Yanktonai dat er geleeft zou hebben varieerd erg en verschild nogal per periode: Lewis en Clark schat het aantal mannen op 500(1806), wat neerkomt op een totaal van circa 1750;Long schat het aantal in 1823 op 5.200; het bureau van Indiaanse zaken in 1842 op 6.000; Warren schat het aantal in 1856 op 6.400; in 1867 op 4.500; het bereau van Indiaanse zaken in 1874 op 2.266; in 1885 na een onderzoek op 6,618 terwijl een jaar later het aantal maar 5.109 was De Lower Yanktonai levend in het Crow Creek reservaat in Zuid Dakota met een aantal Brulé, Miniconjou en Two Kettle worden geschat op 1019 in 1909 Het aantal Upper Yanktonai in het Standing Rock reservaat is rond de 3.500.